鎖国

一五一〇年にはアルブケルケのゴア攻略の計画に反対してその機嫌を損い、インド洋での立身の望を絶つに至ったのである。帰国後はアフリカに地位を得ようとしてモロッコに出征したりなどしたが、思うように行かず、王の恩顧をも受けることが出来なかった。で失意のうちに隠退してコスモグラフィーと航海術との研究に専念していたが、そこへ親友セランからモルッカ諸島への航海を報ずる手紙が届いた。それによるとモルッカ諸島はマラッカから非常に遠いことになっている。そうなると、モルッカ諸島は西の半球に、即ちスペインの領分に、入っていはしないか、という疑が起る。そういう疑を天文学者ルイ・ファレイロなどと語り合ううちに、南アメリカを廻ってモルッカ諸島へ行く航路の考に到達したのであった。

この考はしかしポルトガルでは実現出来ない。スペインの領分を通るのだからである。それに加えてポルトガルの王はマガリャンスの業績も才能も認めなかった。それらの理由で彼は遂にスペインへの移住を決意し、ルイ・ファレイロやクリストヴァル・デ・ハロなどと共に、一五一七年にセビリャに来た。そうしてディオゴ・バルボサに款待され、後にその娘ベアトリスと婚するに至った。